研究生最遲應於入學後第一學年第一學期結束前選定論文指導教授。
 一、指導教授資格

「大學部暨研究所學則」第68條規定：研究生之論文指導教授以本校專任教師擔任為原則，必要時經所長同意，得以兼任教師擔任。
「研究所碩士學位考試規則」第6條第五款規定：凡為研究生之配偶、四親等內之血親、三親等之姻親或曾有此關係者，不得擔任其論文指導老師及口試委員。

二、論文指導教授的選擇

學生可利用第一年第一學期先找導師諮詢討論，再找老師會談，雙方取得同意後，填寫「論文指導教授確認書」交付所辦公室，正本由所長做資格確認後由所上存檔，副本由研究生與論文指導教授各存一份。

三、論文指導教授職責

1. 負責學生論文研究的主要指導工作，包括協助學生：

(1) 協助規劃修課計畫。
(2) 指導實習。
(3) 選擇及確定論文研究題目。
(4) 發展論文研究計畫。
(5) 執行論文研究計畫。
(6) 完成碩士論文報告。

2. 決定學生是否可提出申請論文研究計畫審查及學位考試。
3. 協助學生選擇論文研究計畫審查及學位考試委員。
4. 指導教授因離職、進修、講學，學生因而需更換論文指導教授時，有其義務輔導學生選定新論文指導教授。
5. 本所二年級以上(含)學生之指導教授即為導師，應協助學生處理修業期間學習相關問題。

四、更換論文指導教授

學生或原論文指導教授因故提出終止指導關係，更換指導教授之一方，應填寫「更換指導教授申請表」，經所長同意簽核後，書面通知學生及原指導教授。學生確認新的指導教授後，應依「論文指導教授的選擇」規定辦理相關確認流程。
學生無法覓得新指導教授時，得由所長協助輔導並建議適當教授，或由所長擔任指導教授。

五、紀錄論文指導進度

學生接受論文指導教授指導期間，應就每次討論的內容與進度，填寫「論文指導紀錄表」，辦理畢業離校手續時繳交。